近年来水电院在科研管理制度、项目过程管理、优秀人才培养、科技信息管理等方面提出了多项创新举措，取得了显著成效。
完善科研管理制度。根据《河海大学科研项目经费管理办法》，结合学院科学研究及管理工作现状，不断健全和完善了学院的科研管理制度，制定了《红足1世666814科技经费管理办法》、《红足1世666814科技奖励办法》，建立健全了基础任务评价指标体系及科研业绩评价指标体系，切实实践年终绩效考核制度，各岗位级别的科研工作考核及奖励细则。
加强项目过程管理。学院不断加强科研项目过程管理，包括项目立项、中期检查、项目结题等方面的管理，严格贯彻学院领导审批制度。利用学院学术委员会，对学院教师的科研工作进行把关、监督，不定期检查重大项目的进展情况，严格实行项目报告审查。
注重优秀人才培养。贯彻“以人为本、科学管理、服务至上”的原则。充分发挥教师在科研工作中的核心作用，引导并激发广大教师的科研积极性和创造性，提高学院科研工作的效率。比如：对于承担重大科研任务的教师进行财务培训以及相关科研管理培训；聘请具有丰富经验的教授评审青年科研人员的项目申报书，提出修改完善建议；资助青年教师发表论文、开展科研工作，鼓励并资助发表高质量论文；对于学校科研奖励，学院不作任何提扣，全部发放给相关教师。
健全科技信息管理制度。2004年以来，每年年终学院对本年度的科研项目、成果以及重大事项进行回顾、总结，编印年度科研报告并存档。2014年，学院又建立科技信息通报制度，每季度汇总编印相关的科技信息，进行发布和存档。此外，学院建立了专门的科研管理资料室，存放相关的科研管理工作规程规范、科研管理文件、年报通讯、期刊杂志等资料，供教师查阅。
水电院科研管理工作和成果突出。在2014年教育部直属高校科研经费专项检查中，水电院是河海大学唯一被抽查的学院，全院上下同心协力，认真准备，凭着良好的科研管理工作和成果，得到了评估专家的一致好评，也获得了学校的表扬。2011-2014年，学院共承担科研项目680余项，其中国拨经费项目180余项，委托生产科研项目490余项；申报省部级及以上奖励69项，获奖39项，其中国家级奖励3项；申请国家发明专利166项，获授权专利71项；SCI检索论文数量稳步上升，论文质量亦不断提高。（沈振中、王慧慧）
